В 1526 году на кафедру владыки был прислан в Новгород Архиепископ Макарий, который многое сделал и для Успенской обители в Колмово.
Первою заботою святителя было устроить внутренний порядок в монастырях. Монастырей было очень много в городе и в пригороде, а жили по уставу общежития только четыре монастыря: Юрьев, Хутынский, Вяжищский и Отенский. В прочих монастырях было по шести-семи чернецов, которые жили отдельно, питались каждый в своей келии и были обременены разными житейскими заботами. Женские монастыри управлялись игуменами, а богослужение в них совершали монахи. Такое устроение мало соответствовало первоначальным византийским образцам, которым следовали на Руси. Выступая против отшельнических и смешанных монастырей, Архиепископ Макарий, получив согласие от великого князя, созвал к себе в 1528 году настоятелей всех новгородских монастырей и «нача их учити, яко от Живоначальныя Троицы и от вышняя премудрости научением, еже им устрояти общежители, якоже прежни богоноснии отцы написаша». По словам летописца, приняли тогда общежитие 16 монастырей вокруг одного Новгорода, среди которых был и Колмов монастырь. «А егда устроиша общежители, — продолжает летописец, — тогда нача благодать множитися, и все благочиние прибывати и братия в монастыри начаша приходити: идеже было два или три, и ту 12 и 15, а идеже 6 и 7, и ту 20 и 30, а в просих 40 и множае».
Архиепископ Макарий, неутомимый труженик, иконописец и писатель, создатель праотеческого ряда в иконостасе Софийского собора, руководитель работ по написанию Великих Четьи-Миней, многое сделал и по благоустройству монастырей. В 1527 году Успенская церковь Колмова монастыря была возобновлена (обложена), а в 1528 году освящена. В 1530 году по его благословению была заложена каменная церковь с трапезою в монастыре на Колмове во имя Живоначальной Троицы, а в 1533 года она была завершена и освящена по благословению святителя.
Реставратор церкви Н.Н. Кузьмина отмечает, что Успенский храм 16 века сохраняет традиционное для церквей того времени плановое решение: это был квадратный, одноапсидный, четырехстолпный храм. Первоначально в храм вели три входа: в восточную часть храма — с северной и южной стороны, а в трапезную – один вход с запада. Архитектор предполагает, что рядом с диаконником в 16 веке мог находиться маленький придел. Интересно, кому он был посвящен? Отличительной особенностью Успенской церкви были не выделенные в интерьере подпружные арки, слившиеся с коробовыми сводами центрального креста. Такие архитектурные особенности присущи псковским храмам 15 века. Древний храм был создан из гладко обработанного серого известнякового камня. Большой вынос лопаток на фасадах, как в Успенской церкви, отличает обычно храмы домонгольского периода. Лопатки делят фасад (переднюю часть храма) на три части. Каждое прясло заканчивается полукруглым тимпаном закомар. Средние лопатки на западном фасаде не доходили до низа. Они заканчивались уступами в уровне низа окна. Исследования показали, что с западной стороны к церкви примыкал маленький каменный притвор. На южном фасаде к востоку от портала под слоем штукатурки был обнаружен прекрасный каменный вкладной крест – круглый, на ножке, с титлами. Первоначально храм не был оштукатурен.
Была уже в это время и колокольня – В. Духовской пишет, что она была построена в 15 веке. Надпись на древнейшем колоколе свидетельствует, что Архиепископ Макарий помогал отливать и колокола для монастырей: «Божьей милостью пособием и помощью Святыя Живоначальная Троицы лета 7045 (1537) месяца Октября в 1-й день на Покров Святой Богородицы, сделан бысть колокол сей при державе царства Благоверного и Христолюбивого Великого Князя Ивана Васильевича и Государя Всея Руси и при архиепископе Великого Новгорода и Пскова Владыке Макарии, а делали псковичи Тимофей Андреев да Прокофий».
Елена Гаричева