Новейшая история Успенской церкви начинается 31 августа 1997 года, когда после ремонта, в трапезной храма по благословению Высокопреосвященнейшего Льва, Архиепископа Новгородского и Старорусского, было возобновлено богослужение. Владыка предоставил начальный капитал для строительства и постоянно курировал все строительные работы. Указом владыки Льва настоятелем храма назначен священник Николай Ершов, который когда-то учился в Литературном институте, потом служил заведующим библиотекой Санкт-Петербургской Духовной Академии. 26 сентября 1998 года восстановленная церковь Успения Пресвятой Богородицы была освящена.
В наши дни возрождаются духовные традиции Колмовского Успенского монастыря. С 1997 года настоятель церкви Николай Ершов занимается душепопечением пациентов Новгородской областной клинической больницы, примыкающей к комплексу зданий Колмовского монастыря. Работая в тесном контакте с медицинским персоналом больницы, отец Николай каждую неделю приходит для духовного окормления больных. Вместе с ним община сестер несет послушание в больнице. Сестры помогают больным подготовиться к Исповеди и Причастию, напоминают заповеди Божии, разъясняют значение церковных Таинств, отвечают на многочисленные вопросы. Сестринская община насчитывает около десяти человек. Это люди разных возрастов, занятий и семейного положения. Есть среди них воспитатели, медицинские работники, преподаватели, пенсионеры. Сталкиваясь с чужой болью, они пытаются ее разделить, облегчить страдания человека добрым словом и чувствуют, что их помощь возвращается дающему. Есть среди сестер те, у кого родные служили когда-то сестрами милосердия в госпитале во время первой мировой войны.
При церкви работает детская и взрослая Воскресная школа, которая сейчас располагается на втором и третьем этажах храма. Здесь существует иконописный класс, действует силами учащихся Воскресной школы кукольный театр. В храме работают студия берестоплетения, мастерская лицевого и золотного шитья. В 2006 году ежемесячно выходила приходская газета «Успенский благовест».
В настоящее время настоятель Успенской церкви отец Николай также преподает в духовном училище Юрьева монастыря.
Перед началом Рождественского поста 2006 года в храме во имя Успения Божией Матери Великого Новгорода произошло радостное событие: здесь появился список Леушинской иконы Божией Матери «Азъ есмь съ вами, и никтоже на вы», который торжественно передали храму паломники, прибывшие из Петербурга во главе с о. Геннадием Беловоловым.
В слове, обращенном к прихожанам храма и паломникам, о. Геннадий подчеркнул, что этот дивный образ Божией Матери св. Иоанн Кронштадтский назвал «Спасительницей России». Эта чудотворная икона стала первым образом, который внесен в официальный список чтимых чудотворных икон нового, третьего тысячелетия. Список, сделанный специально для храма во имя Успения Божией Матери, по словам о. Геннадия, наиболее точно соответствует первосписку, который сейчас находится на Украине, в Георгиевском Козельском монастыре Черниговской епархии. Икона была написана в мастерской Свято-Троицкой Александро-Невской лавры Светланой Большаковой, ее украшает лепной белоснежный оклад – ручная работа питерского мастера. Освящен образ 7 июля 2006 года во время Леушинского стояния, которое проходит на берегу Рыбинского водохранилища в с. Мякса близ г. Череповца в память Леушинского монастыря и всех затопленных святынь.
По благословению Игумении Таисии монахиня Алипия написала поясной список чтимой иконы для о. Иоанна Кронштадтского, который духовно окормлял монастырь. Перед этим образом о. Иоанн молился о судьбе России в грозные годы испытаний, в дни первой русской революции. Незадолго до смерти св. праведный Иоанн Кронштадтский передал образ Пресвятой Богородицы последнему духовнику Свято-Троицкой Александро-Невской лавры иеросхимонаху Серафиму Вырицкому с напутствием: «Молись о спасении России перед этой иконой». Подражая подвигу Серафима Саровского, вырицкий столпник тысячу дней и ночей молился о спасении России. Молитва русского подвижника спасла город на Неве во время Великой Отечественной войны.
Сейчас, когда мир оказался на грани духовной катастрофы, когда человек утратил способность отличать тьму от света, Сама Пречистая являет нам Свой Образ, чтобы ободрить верных, утешить унывающих, поддержать падающих.
Елена Гаричева